Troisième Hôpital Saint-Jacques (Hôtel-Dieu)
Dès la mort du fondateur, les administrateurs des autres hôpitaux s'étaient hâtés de transférer leurs malades (et leurs obligations) à l'Hôpital Saint-Jacques… tout en gardant leurs revenus. Très rapidement, les ressources de l'Hôpital ne suffisent plus à faire face à la pauvreté croissante d'Aix. Initialement destiné aux pauvres malades, orphelins, pèlerins et filles mères, les besoins deviennent considérables malgré l'expulsion répétitive des mendiants étrangers à la ville.
On admettait aussi, d'abord de manière occasionnelle, des "insensés calmes" pour des séjours temporaires ; les "agités" et les "furieux" étaient dirigés vers le nouvel Hôpital de la Charité (ouvert en 1640). Au cours de l'année 1691, diverses réunions des recteurs font ainsi prendre conscience que les personnes folles et furieuses doivent être enfermées afin de supprimer les scandales qu'elles causent dans les églises et par les rues, et que les trois hôpitaux généraux ne sont plus adaptés pour les recevoir : "Les malades séjournant à l'Hôtel-Dieu ou à Saint-Jacques ne doivent point être troublés par le vacarme habituellement produit par les agités ; les oreilles chastes des jeunes gens qui se reposent à la Charité ne doivent pas ouïr les "ordures accoutumées, propres à cette engeance" ; et par ailleurs, l'hospitalité ne saurait être conservée dans celui de la Miséricorde". Les recteurs, députés à cette assemblée, prennent alors la résolution d'adopter d'autres voies.
Les réunions à l'hôpital Saint-Jacques et à la Charité s'enchaînent et les recteurs approuvent le 25 novembre le "renfermement des fous". Un établissement spécialisé est ouvert dans la maison d'un certain Du Canet proche du couvent des Dames Bénédictines ; les frais de leur entretien et de nourriture sont répartis par tiers entre les trois hôpitaux… jusqu'à ce que Dieu y pourvoie par des aumônes particulières. Messieurs les Consuls de la ville prendraient à leur charge le loyer de l'établissement et la subsistance des gardes ; le nouvel archevêque d'Aix, Mgr Daniel de Cosnac (1628-1708), fait installer des troncs pour recevoir des aumônes. L'arrêt de la cour du Parlement du 10 février 1695 comporte plusieurs dispositions particulières : seules les personnes furieuses susceptibles de causer des désordres publics, natives de la ville ou résidentes depuis plus de cinq ans, pourront être admises. Les "niais" ou les "simples" qui "ne servent tout au plus que de jouets aux petits enfants" seront refusés. Les insensés ne seront renvoyés que lorsqu'on jugera qu'ils sont revenus de leur infirmité, avec beaucoup de prudence et de précaution. Un médecin accepte de visiter les fous gratis, et un chirurgien est nommé en juillet 1692. L'admission d'hommes furieux allait cependant nécessiter le recrutement d'un agent "pour mettre les menottes et les fers".
L'épiscopat de Mgr de Jarente, mais surtout celui de Mgr de Brancas (1693-1770) voit la réalisation de transformations radicales. Différentes adjonctions sont réalisées entre 1731 et 1790, notamment l'aile destinée aux convalescents. Les enfants abandonnés ou délaissés par leurs parents trouvent à se coucher après avoir eu du pain et des légumes pour leur souper, et où on les instruisait des devoirs de la religion. Les nouveaux bâtiments sont dénommés "Hôpital Saint-Jacques" et "Hôtel-Dieu". À la Révolution, l'Hôpital Saint-Jacques devient propriété de la ville.
